Действия игры происходят через пятнадцать лет после Ураганных Хроник.
Потомки Орочимару решаются продолжить дело санина, объявив начало Мировой войны; ни одной из стран ниндзя не удалось избежать этого. Действие Звука были слишком активными, множество селений подчинилось сразу, главы стран перешли на сторону противников силой, а тех шиноби, кто сумел ярко проявить себя в битве против захватчиков, "змеиные детки" тут же сформировали в свою армию, с которой пошли на сильнейшие страны. Акацки же, которые по неизвестным причинам согласились помочь Звуку, все равно действовали отдельно от основных отрядов, пытаясь добиться своих целей... А каких?
Суна, которой уже фактически не управлял Гаара, переложив все основные дела на своих последователей, лишь принимая важные решения для блага всей страны, только ждала наступления, в то время, как в Конохе уже день и ночь шли активные боевые действия, которые все-таки часто сменялись на "затишье перед бурей" с мелкими стычками мелкими группками шиноби. Коноха отказывалась склонить голову. И ложиться под камень тоже.
Вечная война, страх, пустота... Сбудется ли мечта Змеиного Санина - мировое господство?